Jak łatwo się domyślić, choćby po tym, pod jakim wezwaniem jest kościół, budowę zainicjowali Krzyżacy, czyli Zakon Szpitala Najświętszej Marii Panny, i do 1454 roku posiadali oni prawo wyznaczania proboszczów. Było to niejednokrotnie przyczyną sporów mieszczan gdańskich z zarządzającymi kościołem reprezentantami zakonu. Mieszczanom nie podobały się niektóre zarządzenia i zwyczaje wprowadzane odgórnie, a różniące się od praktyk stosowanych w innych kościołach. Przez półtora wieku budowy i rozbudowy kościoła zmieniał się jego status, znaczną część przybudowanych kaplic fundowały różnego rodzaju bractwa, które rościły sobie prawo do zarządzania „swoimi” częściami świątyni. W XVI wieku w dobie reformacji kościół stopniowo przejmowali luteranie. Pierwszą mszę protestancką odprawiono tu w roku 1525. Od tego czasu odprawiano dwa rodzaje nabożeństw – rzymskokatolickie i protestanckie. Po 1557 roku protestanci stanowili już niemal całą obsadę kościoła, zajmowali wszystkie kaplice. Rzymskokatolicki był jednak proboszcz. Ostatecznie w 1572 roku protestanci „przejęli” ołtarz główny, na którym sprawowali obrzędy do 1945 roku. Proboszczowie katoliccy zachowali dla siebie plebanię.